Bayan Green’in canına tak etmiştir.Üç çocuğu, Norman, Megsie ve Vincent sürekli olarak birbirleriyle kavga etmektedir. Kocası Rory savaşa gitmiştir ve ondan aylardır haber alamıyordur. Kayınbiraderi Phil, ona, Rory’nin sahip olduğu, çiftliğin yüzde elli hissesini kendisine satması için baskı yapmaktadır. Ve işvereni Bayan Docherty de oldukça tuhaf davranmaya başlamıştır. Tüm bunlara ek olarak, zengin yeğenleri Celia ve Cyrill de uzun süre kalmaları için Londra’dan çiftliğe gönderilirler. Bu arada köyün bekçisi Bay Docherty, her an tepelerine gökyüzünden bombaların düşebileceği konusunda onu sürekli uyarmaktadır. Bunların hepsi Bayan Green için çok fazladır. Henüz farkında değildir ama ihtiyacı olan kişi, Nanny McPhee’dir.

Ne yazık ki, Bayan Green’nin içinde bulunduğu durum göründüğünden de kötüdür. Phil ona, çiftlik için iyi para ödeyecek sırada bekleyen bir alıcı olduğunu söylemektedir ama gerçekçe Phil’in gizemli Bayan Biggles’a kumar borcu vardır. Bayan Biggles, Phil’i korkutmaları ve Bayan Green’nin elinden çiftliği alıp borcunu ödemeye zorlamaları için, iki kadın katil olan Bayan Topsey ve Bayan Turvey’i göndermiştir. Eğer Phil başarılı olursa, Green Ailesi her şeyini kaybedecektir.

Nanny McPhee birbiriyle geçinemeyen bu kuzenlere şöyle bir bakar ve hemen bu çocukların ona ihtiyacı olduğunu anlar. İyi bilinen sözünü tekrar eder: “Bana ihtiyacınız varsa ve beni istemiyorsanız kalmak zorundayım. Ama beni istiyorsanız ve bana ihtiyacınız yoksa, gitmek zorundayım.” Değneğini yere vurur ve çocuklar birden birbirlerine vurmak yerine kendilerine vurmaya başlarlar. Nihayet çocuklar Nanny McPhee’nin isteğini yerine getirir ve yaptıkları şeyi bırakırlar. Birinci Ders, kavga etmemek, tamamlanmıştır.

O akşamın ilerleyen saatlerinde, Nanny McPhee çocuklara aynı metodu kullanarak misilleme yapmaya devam eder. Yataklarını paylaşmayı reddedip, bir keçi, inek ya da fille uyumayı tercih ettiklerini söylediklerinde, Nanny McPhee değneğini yere vurur ve çocuklar birbirine yer vermek zorunda kalır. Tabii sözünü ettikleri hayvanlarla birlikte. İkinci Ders, kibarca paylaşmak, tamamlanmıştır.

Phil, Bayan Green’i çiftliği satmak zorunda kalacak kadar çaresiz bırakmak için, ailenin değerli domuzlarının kaçmasını neden olduğunda, Nanny McPhee sihrini kullanarak çocukların domuzları hep birlikte aramasını ve hatta bu şekilde arkadaşlıklarından keyif duymalarını sağlar. Birlikte çalışarak, çocuklar yavru domuzları yakalamayı ve Bayan Green’in onları komşusu Çiftçi Macreadie’ye satması için zamanında geri getirmeyi başarırlar. Üçüncü Ders, birbirine yardım etmek, tamamlanmıştır.

Çocuklar giderek birbirine alışmaktadır ve Bayan Green nihayet biraz rahatlamıştır, ta ki Bay Green’in ölüm haberini taşıyan telgraf gelene kadar. Norman dışında herkes üzüntüye boğulmuştur, çünkü babasının sağ olduğu onun içine doğmaktadır. Cyril yardım edebileceğini söyler. Babası Lord Gray, Savunma Bakanlığı’nda önemli bir yetkilidir ve eğer çocuklar Londra’ya gidebilirse, Bay Green’e ne olduğunu öğrenebilir. Çok geçmeden, Nanny McPhee’nin kullandığı motosikletin sepetinde kırsal alandan çıkıp giderler.

Evde ise, Megsie ve Celia, Norman’ın Cyril ile nereye ve neden gittiğini yazdığı notu okurlar. Kızlar, Bayan Green’in Norman yokken evi satmasına engel olmaları gerektiğini anlarlar. Ama o sabahın ilerleyen saatlerinde, Phil elinde bir satış sözleşmesi ve kalemle çıkagelir. Kızlar onu oyalamaya çalışır ama zaman daralmaktadır.

Cyril ve Norman Londra’ta macera dolu bir yolculuk yapar ve Cyril’in otoriter babasının ofisine varırlar. Önce Lord Gray çocukların isteğini geri çevirir ama Cyril ilk kez babasının karşısında dik durur ve ondan yardım talep eder. Lord Gray olayı araştırır ve Bay Green’in muharebede ölmediğini, yalnızca kaybolduğunu ve Savunma Bakanlığı’nın da böyle bir telgraf göndermediğini ortaya çıkarır. Norman, kötü huylu amcası Phil’in kendi çıkarları için sahte bir telgraf yolladığını ve Cyril ile derhal eve dönmeleri gerektiğini anlar.

Diğer taraftan çiftlikte, Megsie ve Celia Bayan Green’in Phil’in sözleşmesini imzalamaması için ellerinden geleni yaparlar ama Megsie artık umudunu kaybetmeye başlamıştır. Hemen “Nanny McPhee sana ihtiyacımız var.” Diye fısıldar. Birden bir bebek fil, ki bu fil paylaşımla alakalı dersteki filin aynısıdır, mutfakta belirir. Phil ve Bayan Green o tarafa bakmıyorken, fil görünürdeki tüm kalemleri hortumuna çeker. Çocuklar çok sevinir. Phil’in şimdilik kafası karışmıştır ama başka bir kalem bulur ve zorla Bayan Green’in eline tutuşturur. Her şey bitmiş gibidir ama birden üzerlerinden öylece geçip giden bir düşman uçağı, tıpkı Bay Docherty’nin önceden söylediği gibi, yanlışlıkla Green Ailesi’nin arpa tarlasına bir bomba düşürür. Düşme sesi mürekkebin dağılmasını sağlar ve sözleşmeyi mahveder ama bomba patlamamıştır.

Çocuklar döner ve Norman annesine, Bay Green’in ölmediğini yalnızca kayıp olduğunu anlatır. Bay Docherty bombayı etkisiz hale getirmeye çalışırken bitkinlikten bayılır ve çocuklar bunu kendi başlarına yapmaları gerektiğini anlarlar. Sonunda çocuklar bombayı etkisiz hale getirir ve Dördüncü Ders, cesur olmak, tamamlanır. Phil tutuklanır, hasat Nanny McPhee’nin sihriyle toplanır, çocukların arkadaş olmuştur ve nihayet Bayan Green’in hayatı çekilebilir hale gelmiştir. Beşinci Ders, inanç sahibi olmak, tamamlanmıştır ve Nanny McPhee’nin gitme zamanı gelmiştir.