Michelangelo, Donatello, Leonardo ve Raphael bu yaz April O’Neil (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) ve hokey maskeli yeni kahraman Casey Jones (Stephen Amell) ile birlikte daha kötü ve çok daha güçlü düşmanlarla savaşmak üzere sinemalara geri dönüyor. Süper kötü Shredder hapishaneden kaçar ve dünyayı ele geçirmek için şeytani bir plan üzerinde çalışan çılgın bilimadamı Baxter Stockman (Tyler Perry) ve iki ahmak fedai Bebop (Gary Anthony Williams) ve Rocksteady (WWE Superstar Stephen “Sheamus” Farrelly) ile güçlerini birleştirir.
Kaplumbağalar, Shredder ve yeni ekibiyle başa çıkmaya hazırlanırken kendilerini Shredder ile benzer amaçları güden, daha da büyük bir düşmanla -kötülüğüyle nam salmış Krang’le karşı karşıya bulurlar.