Alfea Peri Okulu’nun yeni dönemi başlarken, güzel giden parti Icy, Darcy ve Stormy’nin saldırısı ile bozulur. Bloom yanlarında olmasa da bu karmaşayı toparlamak ve Trix cadılarıyla uğraşmak Winx perilerine kalır. Ancak Trix, gizemli ve güçlü bir parçayı da alarak ortadan kaybolur.
Hayat toz pembe değildir ve Eskiçağ Cadıları yine Stella, Layla, Tecna, Muisa, Flora ve Bloom’un peşine düşer. Bu arada, Sky’ın babası Erendor ise oğlunun, Domino Prensesi ile evlenmesine izin vermez. Eraklyon Krallığının üzerine karanlık bir sırrın ağırlığı çökmüştür ve bunun ne olduğunu ortaya çıkarmak, tahtın veliahtı Sky’a kalmıştır.
Bütün bunlar olurken, Trix’ten destek alan Eskiçağ Cadıları da İyi ve Kötü Sihir arasındaki dengeyi sağlayan Hayat Ağacı’nı bulmuşlardır. Eskiçağ Cadıları yaptıkları güçlü bir sihir ile bu dengeyi bozup, Magix’teki iyi enerjiyi boşaltırlar. Güçlerini yitiren Bloom ve arkadaşları bütün kötülüklerin kaynağı olan cadılarla yüzleşmek zorunda kalırlar.