Su birçok atom parçacıklardan oluşur. Bu atomlar göremeyeceğimiz kadar küçüklerdir. Ancak bazı atomlar ışığı durdurarak saydamlığı önlerler. Bu duruma kayalar örnek verilebilir. Işığı durduramayan atomlar ise saydam bir görünüm kazanırlar. Suyun içerisindeki atomlar da ışığı durduramadığı için su saydam bir yapıya sahiptir.